明朝

1411（永樂九年）到1433（宣德八年）年間，明朝大太監亦失哈曾先后十次率大規模船隊經過黑瞎子島。

清朝

1854年，清政府在島東北角設立了烏蘇里江口卡倫（邊防哨卡）。它在中國的行政區劃中，歸黑龍江省撫遠市管轄。

1858年5月28日(咸豐八年四月十六日)，沙俄強迫清政府簽訂《中俄璦琿條約》，奪去黑龍江以北約63萬平方公里土地。

1860年又強迫簽訂《北京條約》，約定中俄東段邊界以黑龍江、烏蘇里江為界，黑龍江以北、烏蘇里江以東劃歸俄國，原住這一地區的中國人，仍準留住。這一條約又強行割占了中國領土40多萬平方公里。共計割中國160萬平方公里。

1884年撥歸富克錦協領衙門派兵駐守。

1901年馮德祿、葛云山、德夫克（赫哲族）等15戶人家上島居住。

中華民國

1927年，撫遠市居民朱瑞臣一家5口人搬到黑瞎子島居住，養馬兩匹，種地若干。

1928年初，綏遠縣（現為撫遠市）知事派人到黑瞎子島調查，查明島上住有中國民戶30家，蘇戶17家，均以捕魚割草為生，蘇聯在該島無任何設備，只是蘇方有時派兵前往巡視。

1929年，張學良為奪回沙俄在東北修筑的中東鐵路路權，中國東北當局將中東鐵路電報電話權收回，將蘇聯職員遣送回國，就此引發了中蘇爭奪中東鐵路所有權的大規模武裝沖突，史稱“中東路事變”?！爸袞|路事變”后，朱瑞臣等住戶被迫陸續從黑瞎子島上搬下來。

1929年9月6日下午1時，蘇軍向烏蘇鎮發動全面進攻，中國東北軍第九旅42團2營7、8兩個連的官兵在營副官國占奎的指揮下奮起反抗，戰斗到傍晚，終因寡不敵眾，烏蘇鎮失守，中國守軍百余人全部陣亡。烏蘇鎮在蘇軍的炮火中變成一片廢墟。

1929年9月29日，在武裝沖突期間蘇聯軍事占領了黑瞎子島。戰敗當年12月20日，張學良派代表與蘇方簽訂《伯力協定》。這是歷史上中蘇之間發生的規模最大的一場鮮為人知的“沖突”。結果是“中東鐵路事件”回到了原點，即蘇聯人又重新“獲得”了在中東鐵路的“工作權”。但是，好端端的中國領土——黑瞎子島，卻從此成為蘇聯的囊中之物。

1931年9月18日（九一八事變）后，日本關東軍與蘇軍沿邊境對峙，黑瞎子島成為蘇軍據守伯力的前沿陣地。

中華人民共和國

1954年開始中國漁民不能再上島。

1964年2月23日，中蘇兩國開始就黑瞎子島歸屬問題進行談判。

1969年3月2日（珍寶島事件）中蘇交惡，蘇聯開始向島上移民。

1999年10月，俄方修建了一座高28米的東正教堂，附近有一處小型直升機場，俄方在島上建有兩處高壓電力線。

2001年7月，在銀龍水道中部修筑一道鎖壩，拋石護坡。在烏蘇里江上諾沃村附近建有上島舟橋，共有浮舟107個，全長800米，舟橋兩端有固定橋墩，平時可通汽車。

2001年7月 中俄進行第四次談判，簽署《中俄睦鄰友好合作條約》。

2004年10月14日，雙方邊界爭議塵埃落定。中俄達成了關于黑瞎子島的協議。根據中俄雙方簽署的《中華人民共和國和俄羅斯聯邦關于中俄國界東段的補充協定》，俄羅斯將把占領的銀龍島的全部、黑瞎子島的一部分領土，以及額爾古納河上靠近內蒙古滿洲里的阿巴該圖洲渚的大部分領土，歸還給中國。 中國收回半個黑瞎子島的主權，獲地171平方公里，當中第二大的島嶼銀龍島，因位處黑瞎島之西北，故此全部歸屬中國。俄羅斯保留大烏蘇里島（黑瞎子島）東半部分，包括有丘姆卡村和俄羅斯居民的別墅。俄方并已經開始拆除島上的防御設施。但雙方約定協定內容不公開，所以上述說法還未得到官方的正式證實。

2005年，俄羅斯國家杜馬、俄羅斯聯邦委員會和中國全國人民代表大會先后批準了上述協定，從而為黑瞎子島乃至中俄邊界問題的最終解決畫上了句號。同年4月，俄羅斯政府批準了這個補充協定。而此前一個月，我國全國人民代表大會常務委員會也通過了關于批準《中華人民共和國和俄羅斯聯邦關于中俄國界東段的補充協定》的決定。

2008年10月14日，中俄兩國政府在黑瞎子島上舉行“中俄國界東段界樁揭幕儀式”，備受矚目的黑瞎子島，一半領土回歸中國。黑瞎子島西側約171平方公里陸地及其所屬水域正式劃歸中國。中俄兩國達成共識，將把黑瞎子島打造成為生態文明之島、合作發展之島、友好和諧之島。至此，不僅黑瞎子島的領土爭議塵埃落定，中俄長達4300公里的邊界也全部得到了確認。

早在上世紀70年代，蘇聯學者在黑瞎子島東部地區，考古發掘了科爾薩科沃村西北五六公里沙丘上的墓地，共發掘墓葬366座，揭露比較完整的一處有關女真文化的埋葬遺存。出土器物三千余件，主要為陶器，還有鐵器、青銅器、金器和銀器等?？茽査_科沃墓地的北部和東北部發現一些女真文化的其他遺存，為一些供短期居住用的漁獵站遺址。

黑龍江省考古學者在島上西部地區，發現有渤海時期文化陶片和金時期陶片等文化遺存?！缎绿茣匪涊d唐時期的七部之一的黑水，主要活動在黑龍江中下游一帶，黑瞎子島上的文化陶器，應該是唐代的黑水靺鞨生活遺存。根據《金史》記載，金代北部邊疆重鎮“火魯火疃”，距金上京（今哈爾濱市阿城區）以北約三千里，按照金代上京會寧府與蒲與路城之間準確道里推算，“火魯火疃”當位于俄國勒拿河中上游流域，今雅庫茨克一帶。